El origen de Báguena, se encuentra ligado a la historia de su propio castillo situado originariamente sobre los restos de un asentamiento ibero sobre el que los musulmanes construyeron un castillo que pasó a manos de la orden del Temple tras la Reconquista.

Junto al castillo, se creo la antigua aldea de Báguena perteneciente entonces a la Comunidad de Daroca. Se conocen noticias sobre reparaciones de la fortaleza a comienzos del reinado de Pedro IV, en 1336 y 1344. Durante las guerras con Castilla Pedro I de Castilla lo sitió y prendió fuego ante la resistencia del alcaide Miguel Bernabé.

Debido a su cercanía con la frontera castellana, sufrió frecuentes ataques durante el siglo XIV, reforzándose sus defensas por iniciativa propia de los habitantes de Báguena.

En 1363, el Rey Pedro I asedió el castillo y ofertó la rendición de éste a su alcalde Miguel de Bernabé, quien fue fiel a la Corona de Aragón y lo defendió, hasta que el castillo fue tomado finalmente por los castellanos.

Los últimos en defenderlo fueron los propios hijos de Bernabé, quien prefirió morir quemado antes de entregar el castillo. Su cuerpo fue encontrado calcinado, pero con un brazo incorrupto sosteniendo las llaves de la fortaleza.