La Iglesia Parroquial de San Juan Bautista de Bañón es un templo de tres naves, de tres tramos cada una. Todas se cubren con bóveda de medio cañón con lunetos. En el crucero hay una cúpula sobre las correspondientes pechinas, cuyo exterior se manifiesta cuadrado. Toda la Iglesia está construida en mampostería, reutilizándose parte de los muros del templo anterior ampliado a partir de 1592. El interior presenta la típica decoración de esgrafiados propios de la época.

La actual Iglesia se construyó entre los años 1692 y 1701, bajo la dirección del Maestro de Obras José Izquierdo. La obra fue contratada en dos momentos. En la primera capitulación se incluyó el crucero y presbiterio, y el resto en la segunda. Del proceso de su construcción se conserva abundante documentación.

En el lado del Evangelio sobresale el volumen de la capilla del benefactor D. Juan Martínez de Lagunilla. Esta capilla fue una donación que realizaron los vecinos en agradecimiento a su ayuda económica destinada a la construcción y dotación de retablo mayor y órgano al templo.