La iglesia de Navarrete del Río es un edificio de tres naves, construido en mampostería. La central se cubre con bóveda de medio cañón con lunetos y las laterales con bóveda de arista. En varias partes del templo se pueden observar restos del esgrafiado propio de finales del siglo XVII, cubierto hoy por repintados posteriores.

El crucero se cubre con cúpula que se manifiesta al exterior con un tambor octogonal de ladrillo y la correspondiente linterna. La puerta actual es resultado de una actuación del siglo XIX. Constan obras entre 1687 y 1695, lo que coincide con la inscripción que hay en el crucero del templo. Su autor fue Tomás Girón, ayudado por sus hijos, como consta por los pagos recibidos. D. Silvestre Fortea, que ocupó un alto cargo en Madrid, fue el gran benefactor de la Iglesia.

En el lado del Evangelio sobresale en planta una capilla cubierta con cúpula, construida por D. Silvestre Fortea. En el de la Epístola únicamente sobresale la cabecera de otra capilla que fue construida, a partir de 1697, por la familia Bernad.

Destaca el Retablo Mayor con un lienzo de Antonio Palomino Velasco, nombrado pintor real, restaurado en 2010.

En 1689 el escultor de Barrachina Francisco Ascoz realizó el retablo del Santo Cristo por encargo de la cofradía de la Sangre de Cristo.

Del siglo XVIII cabe destacar el retablo de los Quince misterios y los dedicados a San Antonio Abad y Santa Margarita, dorados estos dos últimos por Vicente Aparicio y Valentín López entre 1786 y 1790. El púlpito fue policromado por Salvador Gisbert a finales del XIX.